Rok 1993 znamenal pro školu další etapu jejího rozvoje. Do funkce ředitele byl jmenován Mgr. Zbyněk Šostý, pod jehož vedením škola vstoupila do období významných změn a modernizace.
Mezníkem se stal rok 1994, kdy škola získala právní subjektivitu. Ta přinesla větší samostatnost v oblasti řízení, hospodaření i rozhodování o dalším směřování školy. Současně však znamenala převzetí větší odpovědnosti za její rozvoj, kvalitu vzdělávání a ekonomickou stabilitu.
V následujících letech se škola zaměřila na modernizaci vzdělávání a vytváření podnětného prostředí pro žáky. Významným krokem byl rok 1997, kdy se škola stala jednou z pilotních škol programu Začít spolu. V prvních třídách byla zahájena výuka v centrech aktivit založená na individuálním přístupu k dítěti, spolupráci, samostatnosti a úzkém partnerství školy a rodiny.
Stejný rok přinesl také změny v činnosti školní družiny. Ta získala nové zázemí ve vile na ulici Národních mučedníků, čímž se výrazně zlepšily podmínky pro volnočasové aktivity žáků. Děti využívaly školní hřiště, tělocvičny i blízké okolí školy k pohybovým a zájmovým činnostem.
Druhá polovina devadesátých let byla spojena také s nástupem informačních technologií do vzdělávání. Škola postupně budovala počítačové učebny, rozšiřovala vybavení výpočetní technikou a připravovala žáky na život ve stále více digitalizované společnosti.
Do nového tisíciletí vstupovala škola jako moderní vzdělávací instituce otevřená inovacím, která dokázala spojovat tradiční hodnoty s novými pedagogickými přístupy a vytvářet kvalitní podmínky pro vzdělávání i osobnostní rozvoj svých žáků.